Documentos de ayuda

Para usuarios nuevos y configuración de grupo

How-to directions that address topics such as historical attribution, claiming one's specimens, reporting institutional metrics, and importing unique collector identifiers back into institutional databases.

Paul, Deborah, David P. Shorthouse, Andrea Weeks, Zack Murell. (2023). Bionomia for SISRIS Tutorial. Zenodo. 21pp. PDF https://doi.org/10.5281/zenodo.7767332

Leachman help doc for volunteers

Siobhan Leachman. (2020, June 26). Auckland Museum Volunteer Instructions for Bionomia. Zenodo. 26pp. PDF https://doi.org/10.5281/zenodo.3908726

Tareas enfocadas

La anotadora Siobhan Leachman (vea su perfil de Twitter) también produjo una serie útil de procedimientos paso a paso a través de hilos de trinos. Estos se presentan aquí con ediciones menores como tareas enfocadas.

Comenzando con ORCID y reclamo de registros de especímenes

Primero, usted necesita obtener un identificador ORCID. Con este ientificador usted podrá crear y agregar datos al sitio. Entonces, si no tiene un identificador de ORCID, debe ir a https://orcid.org/register y obtener uno. Por favor haga pública alguna información que haya puesto en ORCID, como su empleador, o agregue una de sus publicaciones. Esto asegura que alguien pueda reconocer que se trata de usted. Vea la página Comenzar para saber qué datos públicos extrae Bionomía de su cuenta de ORCID.

Luego, inicie sesión en Bionomía usando su cuenta de ORCID. Lo primero que verá es la página de Descripción general de su perfil. Si ha recolectado especímenes cuyos metadatos se han cargado en GBIF, puede ir a la pestaña Epecímenes para reclamarlos. profile tabs

Esto vinculará sus especímenes a su identificador de ORCID, enriqueciendo los datos y ayudando a garantizar que obtenga crédito por su trabajo en la recolección o identificación de especímenes. Reclame sus especímenes haciendo click en el botón con una red entomológica para aquellos que usted recolectó, el botón con un microscopio para aquellos que usted ha identificado, o el botón Ambos para aquellos en los que usted ha hecho ambas cosas. Si usted no recolectó o identificó uno de los registros candidatos que Bionomía encontró, haga clic en el botón No soy yo.

Specimen claiming buttons Not me buttons

¡No entre en pánico si comete un error! Usted puede rectificarlo. Vaya a la subpestaña Reclamados para ajustar los registros que indicó como identificados, recolectados o ambos. Vaya a la subpestaña Ignorados para reclamar los registros que indicó como "No soy yo".

Una vez que haya reclamado sus registros de especímenes, vaya a la pestaña Ciencia habilitada. Ésta le mostrará qué trabajos han utilizado en sus análisis registros de sus especímenes. Esto depende de que los autores de esos artículos acrediten y citen el DOI de la descarga del conjunto de datos de GBIF que utilizaron.

Visite Configuración e integraciones para hacer su perfil de Bionomía disponible públicamente. Settings & Integrations Make profile public

Ayudando a otros

Voy a empezar por elegir a alguien a quien ayudar. He iniciado sesión en Bionomia con mi identificador de ORCID y he pulsado el botón Ayudar a otros en la esquina superior derecha. Ahora voy a elegir un país. ¡Sí, Nueva Zelanda! Voy a elegir al entomólogo George Howes.

Help Others button Countries helping list Help New Zealand George Howes

La razón por la que lo elegí es que comencé un artículo de Wikipedia para él. Pienso que él fue maravilloso y debería recibir crédito por su trabajo de colecta. Su página de Bionomía se ve así. George Howes El primer espécimen fue recolectado por alguien con sus iniciales, en las fechas correctas, se encuentra en una colección de Nueva Zelanda. Estoy segura de que él lo recolectó, así que presiono el botón con la red entomológica al lado del espécimen. Selecting P. fenwicki Si estuviera segura de que él había recolectado TODOS los 25 especímenes en esta vista, podría haber presionado el botón con la red entomológica blanca con fondo negro al comienzo o al final del listado. Esto atribuiría automáticamente todos estos 25 registros de especímenes en masa (pero no más). Incluso puedo aumentar el número de especímenes en la página hasta 250 (en el menú desplegable de la esquina inferior izquierda en la página) y asignarlos todos en un sólo click

Bulk assignment buttons Per page dropdown

Pero en este caso, un poco más abajo del conjunto, hay especímenes recolectados por "G Howes" en NHMUK. No estoy segura de si éste es NUESTRO George Howes. Si no estoy segura de que sea él, tendré que dejar los especímenes. Helping unsure Para tratar de averiguar si es George, haré click en el nombre científico del espécimen. Esto abre una nueva pestaña y me lleva a los detalles del espécimen en GBIF. Aquí puedo ver que fue recolectado en el valle de Leith en Dunedin, en 1922 por G. Howes. Helping GBIF ¡Sí, es nuestro George! Así que reclamaré esos especímenes para él.

PERO todavía hay que tener mucho cuidado. Hay que prestar atención a las fechas. En la página siguiente hay un registro que no es de 1921 o 1922. Hay un espécimen colectado en 1937 - aún mientras nuestro George estaba vivo. Pero tengo dudas con las fechas, así que hago clic para verificar. Ese espécimen NO FUE recolectado por George porque fue recolectado en Bolivia. parvispina 1937 parvispina 1937

Más abajo veo especímenes provenientes de FishBase, pero George era entomólogo, así que confirmo que tampoco recolectó esos especímenes y reclamo los especímenes que sí recolectó. Luego presiono el botón de No es ella/él para aquellos que él no recolectó ni identificó. parvispina 1937

Crear un artículo de Wikidata

Una vez que usted domine el arte de atribuir especímenes en Bionomía, es posible que desee intentar incluir colectores más desafiantes como Miss Blackler en Bionomía. Esta es mi área de trabajo favorita, ya que es como una investigación de detective. ¡Y tengo muchos amigos que me pueden ayudar!

Me encontré con "Miss Blackler" porque la había visto en el índice de botánicos de @HarvardHerbaria. Ella colectó en Oregon y California. Creé un artículo de @Wikidata para ella y agregué su identificador HUH.

Harvard Index of Botanists Wikidata screen capture

Pero para agregarla a Bionomía necesito obtener una fecha de muerte. Y ahí es donde puede ser complicado. Nuestra "Miss Blackler" recolectó en Olimpia y @metacoretechs encontró una referencia a Lydia Hooper Blackler en el Internet Archive. Blackler Internet Archive

Basándome en información que @idbdeb encontró, Lydia Hooper Blackler vivió en Olimpia, permaneció soltera, viajó y vivió en California, donde otros especímenes suyos fueron recolectados. https://www.ashefamily.info/ashefamily/1874.htm. Como resultado, estoy segura de que ésta es nuestra "Miss Blackler". Ella también está en @FindaGrave. Find a Grave Así que ahora actualizo su artículo de Wikidata. Agregaré toda la información que encontramos, agregaré tantas referencias como pueda para que otros investigadores puedan rastrear la información que encontramos. Incluiré además la fecha de la muerte, pues es un dato importante. Wikidata date of death También encontré una imagen de dominio público de Lydia Hooper Blackler a través de @OrHist https://digitalcollections.ohs.org/blackler-lydia-hooper. Antes de agregarla a Bionomía, descargaré esta imagen y la subiré a @Wikicommons. Luego puedo agregar la imagen al artículo de Wikidata. Toda esta nformación, se incluirá en Bionomía cuando agregue a "Miss Blackler" al sitio. Photo of Blackler

Ahora la agrego a Bionomía. Tomo su artículo de Wikidata Q93018256 y voy a Bionomía. Hago click en el botón Ayudar a otros en la parte superior derecha, y luego hago click en la pestaña Agregar a alguien. Agrego el número Q del artículo de Wikidata y presiono el botón verde Add.

Help others link Helping tabs Add someone

Así queda ella agregada en Bionomía. Ahora es solo cuestión de hacer clic en su nombre y luego atribuirle especímenes como hicimos anteriormente para George Howes. Helping Blackler No se olvide de hacer click en Hacer público una vez que haya atribuido algunos especímenes. Usted no TIENE QUE competar el 100%, cualquier cosa es mejor que nada.

Cargas para atribuir registros en masa

Hoy pensé en compartir un "paso a paso" para cargas en masa. Después de solo un día de hacer esto, siento que necesito práctica adicional. Además, otras personas han mencionado que les gustaría unirse a mí para intentar esto, pero no saben cómo. ¡Así que aquí va!

Primero hay que encontrar una persona con especímenes que necesitan ser atribuidos. Voy a elegir al fabuloso Alexander Wetmore. Anteriormente transcribí sus álbumes de fotos con @TranscribeSI. Fue un colector prolífico y necesita un poco de cariño en @BionomiaTrack.

Wetmore overview

Así que voy a la pestaña "Atribuciones en masa" en su página de perfil, y luego presiono el botón azul "Descargar" para descargar un archivo csv.

Wetmore download Download buttons

Esto descarga un archivo csv con datos de especímenes. Abro el archivo. Ahora voy a usar Excel, pero usted puede usar algún otro programa. Cuando se abre, el archivo se ve así en Excel.

Excel download

Revisaré las columnas importantes. La primera es la columna "action". Aquí es donde colocará "recorded" (sin las comillas) si el espécimen fue recolectado por Alexander, o "identified" (sin las comillas) si fue identificado por él. Si hizo ambas cosas, agregar "recorded, identified" (sin las comillas). ¡Tenga en cuenta la coma que separa las dos palabras!

recorded identified

Puede ver si Alexander registró o identificó especímenes verificando las columnas "recordedBy" o "identifiedBy" en la hoja de cálculo.

recordedBy identifiedBy

La otra columna que puede ser de utilidad es la columna "Not Me". Si no es su recolector quien recolectó o identificó el espécimen, puede agregar "True" en esta columna.

Not me

Una vez que tenga lista su hoja de cálculo con algunas asignaciones agregadas, puede cargarla en Bionomía. Solo voy a hacer algunas para poder mostrarle qué hacer. Asumiré que usted tiene conocimientos básicos de Excel. Todo lo que voy a hacer es usar ordenar, filtrar y buscar recordedBy.

Sort and filter

Agregaré "recorded" en la columna "action" a todas esas líneas. Luego, revisaré la columna "identifiedBy" para asegurarme de que no identificó ninguno de los especímenes. Si lo hizo, agregaré una coma e "identified" a esos especímenes que colectó e identificó.

Adding action

Ahora, obviamente, usted puede seguir trabajando en la hoja de cálculo. Pero yo lo dejaré hasta ahí para poder mostrarle los siguientes pasos. Lo que hago a continuación puede que no sea la mejor manera, pero funciona. Guardo la hoja de cálculo y aparece una advertencia. Presiono "No" en la advertencia y lo guardo como un libro de Excel.

CSV dialog Saving csv as workbook

Luego presiono "guardar como" y elijo el formato de archivo CSV UTF-8. Cambiaré el nombre del archivo a Q34558Alex.csv.

Save as UTF-8

Luego vuelvo a Bionomía - al perfil de Alexander, a la pestaña Atribuciones en masa y presiono "Choose file". Selecciono el archivo que acabo de renombrar y guardar como archivo csv. Luego presiono enviar.

Así se agregarán los 56 registros que modifiqué. El lote más grande que se puede hacer es 10,000. Así que ya está. ¡Feliz carga de datos en masa!

Más sobre Wikidata

Leachman, S., Mabry, M., López Langenbach, M., & Meudt, H. M. 2024. Integración de wikidata con técnicas de investigación de datos para un mejor descubrimiento del conocimiento de figuras ocultas. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.11435201

Leachman, S., Mabry, M., López Langenbach, M., & Meudt, H. M. 2024. Herramientas y recursos de Wikidata. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.11435596